阿睦尔撒纳，这个历史人物充满争议。有支持者将他比作准噶尔的哈姆雷特，而反对者则视他为明末清初的吴三桂。无论怎样，他确实具备了一定的胆略和智谋。

当清军进入伊犁后，乾隆认为战争胜负已定。为了节约军费开支，他决定在1755年6月下诏撤回大军，仅留定北将军班第等500名官兵在伊犁负责善后。

为了治理刚刚征服的天山北路，乾隆模仿处理外喀尔喀三部的做法，将准噶尔分割成四块，分别封车凌为杜尔伯特汗、阿睦尔撒纳为辉特汗、班珠尔为和硕特汗、噶勒藏多尔济为绰罗斯汗，并根据他们的功绩进行奖励和封赏。

与此同时，乾隆开始在这些新征服的地区推广盟旗制度，并准备将原有的游牧方式改为定居牧养。然而，这一决策与阿睦尔撒纳的初衷完全背离。阿睦尔撒纳卖身投靠清朝并引清军攻打自己的家园，并非为了获得爵位和更多俸禄，而是想借清朝的力量，除掉政敌达瓦齐，实现自己统一准噶尔的政治梦想。 为了达成这个目标，阿睦尔撒纳在出征伊犁前做了大量的准备工作，成功拉拢了和硕特贵族纳噶察等人，并制造舆论，称只要阿睦尔撒纳成功除掉达瓦齐，乾隆皇帝就会封他为汗，带领哈萨克阿布赉汗等人共同管理边疆。为了掩人耳目，阿睦尔撒纳在进军伊犁途中不穿清朝官服，也不使用乾隆赐予的将军印，故意制造出自己尚未归附清廷的假象。

清军撤出后，阿睦尔撒纳变得更加张扬，派遣纳噶察率军在天山南路散布谣言，说：若不立阿睦尔撒纳为汗，边疆将不得安宁。

与此同时，阿睦尔撒纳极力拉拢乾隆身边的亲信——额附科尔沁亲王色布腾巴尔珠尔，使其对自己言听计从，还成功挑拨了色布腾巴尔珠尔与班第的关系。此外，阿睦尔撒纳还暗中企图娶达什达瓦的遗孀，以此兼并达什达瓦的部众。但由于达什达瓦遗孀的拒绝和班第的干预，这一计划未能实现。

1755年6月，班第将阿睦尔撒纳的行为上奏乾隆。初看这封密奏，乾隆只认为阿睦尔撒纳不过是在为了一些小利益而妄图冒险，并未意识到其有更深的叛逆之心。但随着乾隆的多次翻阅，才发现阿睦尔撒纳已经开始私自调动部队，甚至使用准噶尔的篆印发布命令，进一步揭露了其背叛的企图。

1755年6月底至7月初，乾隆皇帝先是下令阿睦尔撒纳随同哈萨克的贡使入觐承德，途中要求喀尔喀土谢图汗部的亲王额林沁多尔济负责护送。然而，这些计划竟然被与阿睦尔撒纳私交甚好的额林沁多尔济泄露。阿睦尔撒纳开始故意拖延行程，等待时机派遣亲信集结力量反叛。

1755年8月19日，阿睦尔撒纳一行到达乌隆古河，并设宴款待额林沁多尔济。在酒宴上，阿睦尔撒纳突然对他说：我非不臣，但中国寡信，若我作为羊群般被驱使，怎能甘心受辱？随即，他将定边左副将军印扔到地上，带领亲信扬长而去。很快，阿睦尔撒纳集结了两千人马，与不满清廷盟旗制度的和硕特汗班珠尔等人联手，展开了反抗，袭击清军的军台站。

9月，伊犁的清军由于兵力单薄，最终被阿睦尔撒纳围困。班第和鄂容安在突围过程中兵败自尽，萨喇尔被俘。阿睦尔撒纳的势力虽然一度扩张，但未能完全统一卫拉特四部，天山北路的战火再次蔓延。

由于清朝的定西将军永常失策，竟然带兵向东撤退，导致巴里坤以西的控制权被拱手让出。天山北路的突变使乾隆非常愤怒，立即决定重新安排对准噶尔的征讨。 九月，乾隆发布命令重新分封卫拉特四部的汗王，并为不参与叛乱的贵族提供封赏。与此同时，他为稳固局势，开始筹划第二次远征伊犁。1756年初，经过几个月的准备，清军再次分兵向伊犁进发。 然而，阿睦尔撒纳此时已开始采取拖延战术，误导清军，并成功逃脱了西路军的追击。经过一番拖延，阿睦尔撒纳最终逃至哈萨克的玉兹阿布赉汗处，再度苟延残喘。 1756年，清朝继续向阿睦尔撒纳发起进攻，但他几次派遣使者前往喀尔喀蒙古，与自己的旧部沟通。尽管乾隆皇帝曾对喀尔喀部落采取强硬手段，但这种行为却激起了喀尔喀各部的反感，为阿睦尔撒纳提供了机会。 1757年3月，经过多方策划，阿睦尔撒纳与哈萨克联合军共谋，准备恢复准噶尔汗国的声势。但很快，清军再次发起进攻，阿睦尔撒纳的部队再次被彻底击溃。最终，他带着残部逃入俄国，结束了他充满争议的一生。 阿睦尔撒纳死后，清朝并未停止要求俄国引渡他。虽然俄方表示他已死，但清廷依然不断要求归还其遗体。这一事件成为清朝和俄国之间长期纠纷的一部分。 总的来看，准噶尔汗国的历史也宣告结束，清朝成功地通过一系列措施，逐步平定了准噶尔，恢复了边疆的稳定。