1958年3月，毛主席在成都会议上与与会者讨论了多个重要议题，其中一项便是要“出版理论刊物”。毛主席语重心长地提到：“我们党的干部怕教授，进城以来相当怕，不是藐视他们，而是有无穷的恐惧。看人家一大堆学问，自己好像什么都不行。马克思主义者恐惧资产阶级知识分子，不怕帝国主义，而怕教授，这也是怪事。我看这种精神状态也是奴隶制度、‘谢主隆恩’的残余。我看再不能忍受了。当然不是明天就去打他们一顿，而是要接近他们，教育他们，交朋友。”这一番话，折射出当时党内干部对知识精英的复杂心态，也为日后《红旗》杂志的创办提供了理论依据。

在这样的背景下，《红旗》杂志应运而生。它的诞生，代表着一种意识形态的主张，也承载着那个时代的政治信号。长时间以来，《红旗》杂志都拥有着极高的声望，它和《人民日报》以及《解放军报》并列，被誉为“两个凡是”时期的“党内三大宣传阵地”。在最为风光的时刻，《红旗》几乎能与文化部齐头并进，编辑部所在的大楼和文化部共享一栋大楼的空间，这种待遇，是其他“两报”都无法相比的。

然而，《红旗》杂志的辉煌并没有持续太久。即使在它的巅峰时期，其发行和影响力依然无法避免时代潮流的变迁。虽然《人民日报》与《解放军报》至今仍然在世，但《红旗》杂志却早已随着时间的流逝消失在历史的长河中。算起来，《红旗》也仅仅存在了三十年，究竟是什么原因让这本曾风光一时的杂志走向了没落呢？

最初，《红旗》的编委阵容堪称豪华。邓小平、彭真、王稼祥、张闻天、陆定一、康生、陈夫子、胡乔木、柯庆施、舒同、陶铸等一大批理论造诣深厚、职务显赫的领导人，都是《红旗》的编委。更重要的是，这些人选几乎都是毛主席亲自挑选的，这足以看出毛主席对《红旗》杂志的重视。可以说，杂志的每一步发展都离不开毛主席的亲自关注与指导。

在创刊后的前十年里，《红旗》杂志的影响力可谓无可比拟。毛主席几乎每期都会认真阅读《红旗》的文章，他对其中的每一篇稿子都仔细审视，一旦发现有错误，他会亲自写信要求修改。毛主席不仅亲自撰写文章，还特别关注那些重要的理论文章，优先考虑让其在《红旗》上发表。例如，《毛泽东选集》便是通过《红旗》进行重点宣传和介绍。而在中苏论战期间，《红旗》成为了社会主义阵营的主要阵地之一，它的声音和影响不仅在国内广泛传播，甚至在全球范围内也产生了深远的影响。

然而，时光荏苒，到了1968年，《红旗》杂志的光辉开始逐渐暗淡。随着陈夫子权力的提升，他似乎不再有太多精力去关注杂志的日常工作。与此同时，副总编辑王力、关锋、戚本禹三人也在这一年先后被隔离审查，杂志社内部的工作一度陷入停滞，甚至好几期都没有新的内容出版。这一系列变故使得《红旗》杂志的编辑部运转困难，影响力大幅度下降。

到了1970年，作为总编辑的陈夫子也遭到处理，这对于《红旗》来说无疑是沉重的一击。此后，杂志的内容再也没有像以前那样引起广泛关注和讨论。虽然很多人对于杂志是否存在问题有不同看法，但陈、王、关、戚这几位重要人物的事件，无疑给《红旗》带来了毁灭性的打击。

进入1978年，胡福明在《光明日报》上发表了一篇题为《实践是检验真理的标准》的文章，引发了社会的广泛讨论。各大报纸和杂志纷纷参与其中，表达各自的观点。然而，《红旗》杂志却始终保持沉默，未能及时发声。这一沉默无疑令社会各界失望，尤其是在“真理标准”问题讨论的关键时期，《红旗》作为党内的重要宣传平台，理应有所回应，但它却没有发挥应有的作用。 当时，其他媒体如《人民日报》和《解放军报》都旗帜鲜明地支持了“真理标准”，并通过连续多期的专题报道，展现了它们的立场。而《红旗》则始终未能表明态度，导致其逐渐失去了往日的影响力。党内和读者们纷纷致信《红旗》编辑部，要求刊发关于“思想路线”的讨论文章，可是《红旗》却始终未予回应，导致其公信力和影响力逐渐下降。 1978年9月，《红旗》在临近毛主席逝世两周年的时刻，决定向老革命家谭震林请写一篇悼念文章。谭震林答应了，并在文稿中多次提到了“实践是检验真理的唯一标准”。但当总编辑熊复看到这篇文章时，却感到十分犹豫。他认为这篇文章不适合发表，并要求谭震林修改其中的相关内容。但谭震林是出了名的倔强，他坚持自己的观点，最终决定将此事交由中央决定。邓小平得知后，迅速批示：“我看这篇文章很好，没有错误。如《红旗》不愿登，可以让《人民日报》登。为什么《红旗》不愿登呢？不想卷入？应该卷入！任何杂志都可以发不同的观点。” 这一批示引发了中央领导层的广泛关注。华国锋、叶剑英、李先念等领导纷纷表态，认为《红旗》如果不卷入，实际上就是一种表态。而熊复最终也认识到了自己的错误，开始支持“真理标准”，但这一转变来的太晚，已经错失了最为关键的时机。 1987年12月6日，中央发布文件，决定停刊《红旗》杂志，并撤销该杂志社。尽管停刊的具体时间未定，但这一消息已经引发了不少人的惋惜。此后，《红旗》是否要进行整改或改名等问题，经过多次讨论，最终确定《红旗》杂志将在1988年6月停刊。 1988年6月16日，《红旗》杂志出版了最后一期，宣布《红旗》将在6月底停刊，并且《求是》杂志将于7月1日创刊。这本曾代表一个时代的杂志，就此结束了它的历史使命。