医院开展的援助活动通常会突出一些关键时刻，其中最早的一次发生在1649年，当时塞维利亚爆发了大规模的瘟疫。这场瘟疫导致了极高的死亡率，医院不仅在疫情期间积极响应，还在之后的时期持续做出反应，尤其是在康复期，患者数量大幅减少，尤其是在1656年开始，患者逐渐增多。

第一次医院内部危机发生在十五世纪末，这一危机的根源在于卡斯蒂利亚广泛的经济危机以及医院因欠债而面临的困境。在1696年，由于资金的不足，曾经用于帮助穷困病人和赎回俘虏的援助金被取消或停发，这些资金曾被用于支持孤儿、赎回囚犯，以及为塞维利亚的二十四个教区的周年纪念活动和孤儿的婚嫁提供资金。医院保留了必要的工作人员和护理助理，并且继续为康复期的患者提供服务。然而，1708年和1709年先后发生的大洪水和瘟疫加剧了财务困境，原本用于宗教慈善活动的资金消失了，甚至开始威胁到医院的生存。最终，医院不得不关门，并将其服务转交给了五伤医院，到了1716年，医院的情况达到了低谷，急需依赖其他机构来填补财务缺口。直到1731年，医院才开始恢复，但恢复后的医院面临着税收减少和部分服务消失的问题。

尽管如此，医院在18世纪的普遍危机中还是经历了一个相对稳定的时期，这一时期发生在1735年到1780年之间。稳定的原因在于医院更加注重人力管理，并且严格执行了对病人、工作人员的管理。这个时期内，医院的工作人员和护理人员展现出了极大的毅力与责任感，这也帮助医院渡过了难关。

然而，第二次危机出现在1780年至1836年间，这一时期不仅仅是因为经济形势的恶化，还与当时教会和管理层之间的关系紧张有关。尤其是在方济各会的管理思想中，他对教会秩序有着独特的见解，并且在这一时期逐步推动了清洁法规的实施。清洁法规在当时的西班牙王国中引起了不小的争议，许多反对者认为这些法规对新旧基督徒的不公正区分造成了社会不稳定。这些法规的出台，不仅对社会产生了影响，也为当时的欧洲人文主义思想的传播提供了动力。

《乌塞达条约》的作者被认为是加斯帕尔·德·乌塞达，他在条约中坚决反对将新基督徒与旧基督徒区分开来，认为这种做法不仅违法而且有害教会。他提到，要解决这一问题，只有通过耐心等待上帝的保护，而不是采取激烈的措施。这一观点也影响了许多当时的学者，尤其是在荷兰和法国，伊拉斯谟的思想对这些学者有着深远的影响，尤其是在拉丁文学的学习和研究中，伊拉斯谟的作品被认为是博学和文雅的典范。

关于圣彼得大教堂的修复工作，经过长时间的讨论和筹备，最终在1764年得到了修复的批准。这项修复工程是由乔万·巴蒂斯塔·皮拉内西负责的，尽管这一计划得到了圣彼得法布里卡的支持，但也引起了不小的争议。法布里卡方面的负责人认为，他们不应再承担这样的财政负担，并提出用其他方式来完成这项工作。

在16世纪，罗马的教会开始重建圣彼得大教堂，并且建立了相关的工厂，这一经济自给自足的模式使得教会在罗马的地位更加突出。圣彼得大教堂的维护与管理也成为了教会的一项重要职责，这一做法不仅巩固了教会的权力，也促进了信仰的传播。在随后的历史中，教会利用这些资金和资源，积极推动了包括赎罪券和十字军东征等一系列宗教活动。 葡萄牙的非洲地区在这一时期并没有完全一致的意见，尤其是在丹吉尔和马扎甘等地，由于对葡萄牙政府的不满，这些地区的人们并不愿意忠于奥克拉托的先知。相比之下，休达和阿西拉等地则较早宣布效忠腓力二世。葡萄牙政府在这些地区的治理并不稳定，而西班牙则通过提供援助和物资支持，确保了这些地区的忠诚。随着1640年葡萄牙独立，局势变得更加复杂，非洲地区的反应也变得更加混乱。 在葡萄牙分离主义运动爆发后，休达的忠诚度问题也变得更加敏感。尽管休达市的一部分居民选择忠于腓力四世，部分精英也通过接受国家福利和工资的形式，依赖于西班牙的财政支持。休达经济与西班牙半岛的联系密切，这种依赖影响了当地对新葡萄牙国王的态度，尽管有些人依然保持了对腓力四世的忠诚。 随着西班牙的支持和供给体系的建立，休达市逐渐稳定下来，并向西班牙保持忠诚，尽管过程中出现了不少动荡。西班牙通过派遣军队、调整粮食供应和提供财政支持等手段，确保了休达的忠诚。而这些举措无疑也为西班牙进一步强化了在非洲地区的控制力。